No es la misma situacion, pero te la explico y capaz que te ayuda a modo de brainstorming
Cuando estoy en casa, uso mi Mac en un docking Hengedocks metalico vertical
Como ves, los cables del lado izquierdo se prolongan fuera del dock con alargues.
Cuando conecto el celular, el iPad o alguna otra cosa empieza a hacer lo que tu dices. Ojo... alguna cosa que consuma mucho... porque pendrives andan bien, pero aparatos que consuman mucho no... o sea iPhone, iPad, discos duros y grabadoras.
Sin embargo el puerto esta bien, porque conectando esass cosas sin usar el dock andan perfectamente bien.
Otra situacion en la que experimentaba ese comportamiento era con cables compatibles "muy malos"... de los baratijas.
Habia un par de cables lightning compatibles en la vuelta que hacian lo mismo por si solos... a esos los sustitui por compatibles mejores y se terminó el problema por ahi.
Ya probaste con otro cable?
pd: 9,1 tengo, pero El Capitan aun no. Esa es una diferencia mas con respecto a tu situacion.
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