Bueno, pero no es que la distribución de directorios de Linux sea muy standard que digamos. De hecho lo que dicen allí en Wikipedia es que el standard FHS fue un intento que no fue seguido por la mayoría de las distribuciones de Linux, algunas con cambios más sutiles y otras con cambios radicales como este Gobolinux.
Ejemplos de esto es el directorio /srv y el /opt cuyo uso o existencia varía de distribución en distribución. Otra clásica, /usr/local o /usr. SuSE siempre utilizó /usr/bin, /usr/share, mientras RedHat/CentOS/Fedora/Debian usan /usr/local/bin y /usr/local/share. Y podría seguir con ejemplos de no estandarización, /var/lib/named, /var/named, /var/www, /srv/www, etc, etc, etc. Luego el Apache, que a veces aparece como httpd, a veces apache2, ningún standard por allí tampoco. Eso sin entrar en los distintos formatos de paquete (RPM / DEB).
Como todo, uno cuando se acostumbra al sistema luego se mueve como pez en el agua. Pero es cuestión de costumbre.
Y la distribución de archivos por todo el disco tiene sus problemas asociados. Alguna vez me pasó de tener que compilar algo, que luego quiero desinstalar y no trae una regla de desinstalación en el Makefile. Allí la que queda es salir a borrar archivos por todos lados, para mi es un penal.
Respecto al segundo punto, el proyecto MONO intenta hacer un framework libre para desarrollar en .NET sin pagar licencias de ningún tipo. Por ejemplo, podrías darle uso si querés desarrollar para smartphones que usan .NET desde tu Linux sin comprar licencias de Windows. Pero bueno, si desarrollás para esa plataforma yo creo que se justifica la licencia, creo que es un tema de purismo nomás.
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