Sincronizar audio y video

Estimados,

Tengo el siguiente problema y apreciaría infinitamente alguna ayuda al respecto:

Tengo un montón de archivos de audio y de video (correspondientes a las grabaciones que un stand interactivo hizo de los participantes) que tengo que pegar (es decir agregar la pista de audio a los videítos).

El problema es que -por algún problema en la grabación- los videos y los audios quedaron de largo distinto, entonces precisaría alguna aplicación que agregara la pista de audio y la comprimiera para que correspondiera con el largo del video, y que lo pudiera hacer "batch", es decir, para un montón de archivos (no me sirve agarrar alguna aplicación ya sea el  QTSync, o el Final Cut Pro y hacerlo a mano, son un montóóón).

¿Aguna idea?

¡Mil gracias!
-k