El artículo (el primero) es muy interesante, pero me cuesta creer que no exista algo mejor a NADA.
En el caso específico de los juegos, estoy de acuerdo, implementar algo que ande sin respetar la "dinámica" del mouseover le quitaría jugabilidad al juego.
Pero el resto de los casos (reproductores de video que muestran los controles, aplicaciones que que despliegan menúes, etc.) podrían por ejemplo hacer que el "long press" (tap y dejar el dedo apoyado en la pantalla sin moverlo por un segundo) en una aplicación en Flash equivalga al mouseover. Obviamente va a ser menos cómodo y natural, pero yo prefiero eso toda la vida a no tener Flash. Especialmente en un celular, que estoy preparado para que navegar por sitios no-específicos para móviles sea un poco más estresante que navegar en una computadora.
Por otro lado, en el caso específico del iPad, recuerdo a Steve Jobs haciendo la presentación ("es FANTÁSTICO, SUBLIME, LA MEJOR EXPERIENCIA WEB QUE HA EXISTIDO" (casi tiene un orgasmo de la "hermosa experiencia" que es usar el iPad)), y me imagino que justamente la idea de que navegar por internet no sea siempre linda y natural en el iPad debe ser algo que Apple quiere evitar a toda costa.
Igual mi opinión sobre que estaría bueno poder ver Flash en los celulares es conceptual, no práctica. Android tampoco soporta Flash, y no lo extraño en lo más mínimo.