Se me ocurre una idea que podés probar.
Si entendi bien, vos tenes algunos temas duplicados, 1 con el archivo bien y otro que está mal.
Hacete una playlist nueva y tiralos todos para ahi (vas a ver que los que tienen el signo de exclamación no aparecen)
Hace export playlist, te va a generar un archivo txt
Borra todo del iTunes,
importa la playlist.
Listo, no mas archivos que no existen.
No se si te sirve... espero que si 
-- un detalle, si querés dejar todo tal cuál lo tenés, en vez de hacer export solo de la playlist que creaste, hace export de todas tus playlists.
-- otra que podés hacer es un export MUSIC directamente, y después import. Ya que cuando exportas, los archivos con Signo de Exclamación tampoco aparecen.
---------- POR LAS DUDAS QUE SERA O ALGUIEN CON MAS EXPERIENCIA CONFIRME SI NO SE PIERDE NADA ----------
Saludos,
Bart.
If you say 'plz' because it is shorter than 'Please' then I'll say 'no' because it's shorter than 'yes'.