Podes hacer varias cosas...
Podes hacer una preComp de todos los layers y te queda como comp (con alpha) y ahi pones un layer abajo y ya le pones el fondo directamente en el After.
Si querés por el contrario, sacarla del after, lo que tenés que hacer es poner Save Frame as File (o make Movie si es una 'secuencia') y elegir un formato que soporte ALPHA. Lease alpha = 32 bits.
Formatos recomendados para imágenes: .TGA (Targa) No perdés calidad y te mantiene el Alpha Channel.
Formatos recomendados para video : Quicktime Animation (sin compresion) en 32 bits, Quicktime DV o sino, una secuencia TGA.
Espero te sirva,
Saludos,
Bart.
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