Tengo dos escenarios que capaz que te ayudan.
- En un entorno Windows... hay un trojan que cambia Folders por accesos directos a los mismos. Si el equipo Windows tiene un antivirus actualizado y activo (o se reactiva) lo cura (lo borra generalmente al trojan) pero el efecto secundario es que desaparecen las carpetas.
No desaparecen del disco, porque si abres una consola MSDOS, y vas mediante comandos a la carpeta, llegás... pero en el entorno grafico permanecen inaccesibles.
Algo pasa con la FAT de el disco problema (USB stick, etc). Copiando mediante la consola, y formateando/particionando el disco/USB stick soluciona el tema.
- En un entorno heterogeneo de muchos windows PC's y una air... todos graban en un NAS. Hete aqui que la air es sustituida por una nueva. Y al usuario se le antoja cambiar su login (username & pass). Los folders creados en el NAS, permanecen accesibles para todos los usuarios windows, pero en la nueva air se muestran inaccesibles con un simbolo de prohibido. Evidentemente el control del NAS (samba) sumado al cambio del user & pass, le complican la vida al de la Mac. Creando nuevas carpetas soluciona el tema.
El segundo escenario no aplica para tí... pero capaz el primero; considerando que el Windows es mas vulnerable que los OSx; por ahora 
Suerte
pd: vuelvo sobre el tema. si los otros Win estan en la misma red, es consistente que tengas el mismo comportamiento, porque potencialmente tienen el mismo trojan actuando.
El 2º escenario tambien se puede aplicar, dependiendo de como tengas configurada la seguridad de tu Mac. Capaz que las carpetas que estas creando son solo para tu user, y no de los public users.
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